Sinopsis: Después del desastre que llamaron "El 2do Impacto" la población disminuyó a casi la mitad. 15 años pasan logrando estabilizar un poco la vida de la gente. En ese momento Shinji es llamado por su padre (que hace 3 años que no vé) para que venga a la ciudad de Nueva Tokyo 3. Pero justo la ciudad es atacado por una criatura (Apostol) y Shinji es salvado por Misato. Ella logra de algún modo llevarlo hasta la base. Allí su padre le dice que debe subirse a un mecha biomecánico (EVA) para luchar contra el Apostol. Shinji confundido por la situación y la actitud de su padre se reusa rotundamente. Pero al ver que su padre obliga a volver a la batalla a una chica mal herida, piloto del prototipo EVA 0, no le queda otra que luchar... Por alguna razón Shinji parece ser compatible con el EVA 1 y de alguna forma logra derrotar a la criatura, pero todavía no logra asimilar la situación por la que pasa. Asi la capitana Misato lo lleva a vivir con ella para ser un poco de soporte para el nuevo piloto y lo envian a asistir a un colegio del...